发电机组水箱有水垢不仅影响散热效果还会减少机组使用寿命。水垢的形成是由于自来水中的钙镁离子与冷却液中的无机盐结合形成水垢的，而硅胶垢主要来源于无机型冷却液中的硅酸盐。
金属垢主要以铁垢和焊锡垢为主。前者主要是由普通无机型冷却液中的无机盐与缸体上的铁金属反应生成的保护膜因消耗脱落形成，而后者是由具有强氧化性的无机盐腐蚀控制剂加剧焊锡“开花”而形成的蓬松沉淀物。所以，如果冷却系统需要加水，不能直接加自来水而是需要用冷却液或者蒸馏水。
发电机组使用寿命跟平时的养护有直接联系，要定期对发电机组进行清洁工作，这样可以大限度地减少发电机组在使用中的磨损，而发电机组水箱中如果存在过多水垢，会严重影响柴油机的使用寿命，因此发电设备提醒广大用户，要定期清除柴油机水箱中的水垢。
清除发电机组水箱内水垢的具体操作方法是：首先用30公斤水，2.5公斤苛性钠，0.6公斤煤油配成清洗液，倒入水箱中。
然后启动柴油机，中速运行10分钟左右后熄火。待10至12小时后再重新启动柴油机，中速运转10分钟左右熄火，放出清洁液。加入清洁的冷却水后起动柴油机，中速运行自行清洁。如此反复2至3次，即可将水垢彻底清除干净。